Desain Primer dan Amplifikasi Gen PhtD dari Streptococcus pneumoniae secara in silico Sebagai Kandidat Vaksin Pneumonia Independent Serotype Berbasis Protein
Isi Artikel Utama
Abstrak
Tujuan: Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan desain primer yang mampu mengamplifikasi gen PhtD dari berbagai serotipe bakteri S. pneumoniae sebagai kandidat vaksin pneumonia berbasis protein yang tidak bergantung pada serotipe bakteri.
Metode: Pembuatan primer dilakukan melalui pendekatan bioinformatika menggunakan beberapa perangkat lunak dilanjutkan dengan pengujian penggunaan primer dalam proses amplifikasi yang dilakukan secara in silico.
Hasil: Hasil dari penelitian ini adalah sepasang primer yang mampu mengamplifikasi gen PhtD dari beberapa serotipe S. pneumoniae.
Kesimpulan: Gen PhtD dari 6 serotipe S. pneumoniae memiliki kesamaan yang tinggi, sehingga cocok digunakan sebagai kandidat vaksin berbasis protein. Berdasarkan konsensus keenam serotipe tersebut diperoleh sepasang primer yang mampu mengamplifikasi 17 strain S. pneumoniae dari beberapa serotipe yang terdapat dalam sequence reference secara in silico.
Rincian Artikel
Referensi
Parameswarappa SG, Reppe K, Geissner A, Ménová P, Govindan S, Calow ADJ, et al. A Semi-synthetic Oligosaccharide Conjugate Vaccine Candidate Confers Protection against Streptococcus pneumoniae Serotype 3 Infection. Cell Chem Biol. 2016;23(11):1407–16.
André GO, Assoni L, Rodriguez D, Leite LCC, dos Santos TEP, Ferraz LFC, et al. Immunization with PhtD truncated fragments reduces nasopharyngeal colonization by Streptococcus pneumoniae. Vaccine. 2020;38(26):4146–53.
Daniels CC, Rogers PD, Shelton CM. A review of pneumococcal vaccines: Current polysaccharide vaccine recommendations and future protein antigens. J Pediatr Pharmacol Ther. 2016;21(1):27–35.
Feldman C. Review: Current and new generation pneumococcal vaccines. Vol. 69, Journal of Infection. 2014. p. 309–25.
Santiesteban-Lores LE, Cabrera-Crespo J, Carvalho E. Development of a pneumococcal conjugate vaccine based on chemical conjugation of polysaccharide serotype 6B to PspA. Microb Pathog. 2021;158(April):105092.
Geno KA. Pneumococcal capsules and their types: Past, present, and future. Clin Microbiol Rev. 2015;28(3):871–99.
Masomian M, Ahmad Z, Gew LT, Poh CL. Development of next generation streptococcus pneumoniae vaccines conferring broad protection. Vaccines. 2020;8(1):1–23.
Oliveira GS, Oliveira MLS, Miyaji EN, Rodrigues TC. Pneumococcal vaccines: Past findings, present work, and future strategies. Vaccines. 2021;9(11).
Ayu Safitri T, Nurul Jannah Patty D, Saraswati H. 16 dan 18 Sebagai Dasar dalam Desain Primer untuk Deteksi Kanker Leher Rahim dengan In-house. IJOBB. 2018;2(2):67.
Saraswati H. Analisa Bioinformatika Gen E1 dan E2 Dari Virus Hepatitis C (HCV) Genotipe 1, 2, 3 dan 6 Sebagai Kandidat Vaksin Viral- Like Particles (VLP). Indones J Biotechnol Biodivers. 2017;2(2):48–57.
Seprianto, Wahyuni FD. Analisis Bioinformatika Gen Potensial Penyandi Halichondrin B Dari Spons Laut Sebagai Kandidat Anti. Indones J Biotechnol Biodivers. 2018;2(2):57–66.
Mardalisa, Suhandono S, Yanti N, Rozi F, Nova F, Primawati. Bioinformatic analysis in designing mega-primer in overlap extension PCR cloning (OEPC) technique. Int J Informatics Vis. 2021;5(2):139–43.